上海国际生物医药合作大会关注到，高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）因复发率极高、耐药性强而长期面临治疗瓶颈。尽管多数患者在初期对铂类化疗有反应，但肿瘤最终复发几乎不可避免，其核心原因在于肿瘤内部预存的不同克隆亚群在治疗选择压力下被筛选、扩增，这是典型的肿瘤进化过程。然而，由于无法连续取样，对体内克隆动态进行实时监测极具挑战，因此开发一种非侵入、可重复、可反映克隆演化的追踪技术显得尤为关键。

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美国纪念斯隆凯特林癌症中心Sohrab P. Shah团队近期在Nature发表研究，题为Tracking clonal evolution during treatment in ovarian cancer using cell-free DNA，提出了基于游离DNA（ctDNA）的综合克隆追踪方法CloneSeq-SV。该方法结合两项核心技术：

（1）通过单细胞全基因组测序（scWGS）对治疗前肿瘤组织进行分析，以高分辨率解析诊断时肿瘤的克隆组成及结构，构建系统发育树，区分主干突变与特异克隆突变；

（2）将结构变异（SV，如易位、倒位、大片段缺失/重复等）作为追踪标记物，由于SV断点高度唯一并且在低ctDNA含量下也可检测，因而较SNV更适合用于长期动态监测。

研究人员利用CloneSeq-SV对18名HGSOC患者进行了长期随访。结果显示，在初始化疗过程中，肿瘤负荷、血清CA-125，以及主干SV的ctDNA VAF均出现下降。在首次复发前最近的监测时间点，所有患者均可通过truncal SVs检测到ctDNA阳性，灵敏度优于驱动基因突变监测，因为部分基因突变在该阶段尚无法检测。治疗完成至复发期间，患者体内的SV状态发生显著变化，一些初诊时存在的SV消失，而具有耐药潜力的克隆相关SV则成为复发后主导克隆的标志。

044号患者的追踪进一步揭示了演化监测的临床价值。其初诊肿瘤包含两个主要克隆（B与E），其中B克隆具有ERBB2基因高扩增。化疗后，CA-125下降并在第156天实现ctDNA清除，但在第449天复发。复发后的cfDNA中仅检测到对化疗不敏感的B克隆，随后在二次复发后接受ERBB2靶向药物T-DXd，获得持续3年完全缓解。这一案例表明，复发时的主导耐药克隆并非新产生，而是在初诊时即已存在，通过治疗选择压力被扩增，从而为后续精准治疗提供关键依据。

对其他患者的分析也呈现相同规律：复发的耐药克隆均为既有亚群在治疗压力下的扩张结果，由此显示基于ctDNA的动态克隆演化监测具有重要临床转化潜力，可用于优化治疗策略并支持进化指导的适应性治疗路径。

上海国际生物医药合作大会关注到，这类以ctDNA结构变异为基础的精准追踪方法或将推动卵巢癌治疗向“演化监测驱动”模式进一步发展。

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